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マイナス（負の値を示す） 2212と入力した後、Ctrl＋X エンダッシュ（数値の範囲を示す） 2013と入力した後、Ctrl＋X

インストール p p値のベクトル　※入力必須 fdr.level FDRをどのレベルで調整するか。 pfdr 正の誤検出率（positive false discovery rate ）を推定するかどうか la… 続きを読む »Bioconductor: qvalueパッケージ　～FDRの計算～

腸内細菌のデータは、しばしば高次元、異なる構造（カウントや割合）、明らかな非正規分布、過分散および過剰なゼロの存在…などといった特徴を持っており、特別な解析手法が必要な場合が多い。そこで、活用できるパッケージの… 続きを読む »MaAsLinの使い方のメモ

#今年読んだ一番好きな論文2021という面白い企画を見つけたので参戦します。つい一年前までは、ただ苦しみながら論文を読んでいて「好きな論文」を考えることすらできなかったのですが、数をこなす中で最近やっと論文を読… 続きを読む »くるくる腸内細菌叢 #今年読んだ一番好きな論文2021

multinomial logit model は、日本語では「多項ロジットモデル」を意味する。 多項ロジットモデルは、離散選択モデルのひとつである。 多項ロジットモデルを用いた推定の例として、ある会社のサラリ… 続きを読む »Multinomial Logit Modelの意味

シード値とは、乱数を生成するときに最初に設定する値のことです。乱数を生成するときに、このシード値を設定しておくと、再現性のある乱数を得ることができます。 Rで乱数を生成する方法 例えば、Rで正規分布に従う乱数を… 続きを読む »シード値とは？

dir.create()は、ディレクトリ内に新たなフォルダーを作成する関数です。（）の中にはパスを入力します。 例えば、dir.create(“C:/Users/Documents/Newfolder”) のよ… 続きを読む »dir.create()の使い方

miceパッケージのmice() を使って欠損値の代入を行おうとしたとき、おそらくRcppが原因のエラーが発生したので、その際の解決方法について記録しておきます。 私は、以下の方法で解決しました。 Rcppをイ… 続きを読む »エラー解決策：mice() 使用時にRcppに関連したエラーが発生した

フリードマン順位和検定の概要 母集団分布の仮定 ノンパラメトリック 群の数 ２群以上 対応の有無 あり 使用方法 ベクトルか行列か確認する方法 ベクトルか行列かを確認するには、is.matrix()やis.ve… 続きを読む »Friedman rank sum test (フリードマン順位和検定)

ZIBR（ゼロ過剰ベータ変量効果モデル）とは ZIBR（Zero-Inflated Beta Random Effect model）は、「腸内細菌叢の存在量」と「臨床的指標などの共変量」との関連を縦断的に分析… 続きを読む »ZIBR（ゼロ過剰ベータ変量効果モデル）について