線形混合効果モデルは、通常であればlme4パッケージのlmer関数などを用いて実行されますが、これは欠測値に完全に対応するものではありません。
欠測値に対する多重代入法を適用した上で線形混合効果モデルによる分析を実行するには、miceaddsパッケージのice.impute.ml.lmer関数が使用できるようです。
詳細は以下のリンクを参照願います。
mice.impute.ml.lmer: Multilevel Imputation Using ‘lme4’, https://rdrr.io/cran/miceadds/man/mice.impute.ml.lmer.html.
lmer関数と同様にランダム切片やランダム傾きを指定することができます。
miceaddsのインストール
install.packages("miceadds")
library(miceadds)