Bioconductor: qvalueパッケージ ~FDRの計算~

インストール

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
    install.packages("BiocManager")

BiocManager::install("qvalue")
pp値のベクトル ※入力必須
fdr.levelFDRをどのレベルで調整するか。
pfdr正の誤検出率(positive false discovery rate )を推定するかどうか
lambda真の帰無仮説の割合(π₀)を推定する際に考慮すべき調整パラメータの値。
pi0.method “smoother”または “bootstrap”
π₀を推定する際の調整パラメータを自動的に処理する方法。デフォルトは”smoother”。
lfdrTRUEにすると、FDRが1以上だった場合に1を返す。デフォルトはTRUE。
call関数呼び出し
pi0Null p値の割合の推定値。
qvalues推定されたq地のベクトル
pvalues元のp値のベクトル
lfdrlocal FDRの値
significantfdr.level を指定した場合、その値を下回っていればTRUE、そうでなければFALSEを返す。
pi0.lambda各ラムダ値におけるNull p値の割合の推定値
lambdaπ₀の推定値を求めるために用いるラムダ値のベクトル。

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