dir.create()は、ディレクトリ内に新たなフォルダーを作成する関数です。（）の中にはパスを入力します。
例えば、dir.create("C:/Users/Documents/Newfolder")
のように入力すれば、ディレクトリとして使用しているドキュメントフォルダにNewfolderという名前の新たなフォルダが作成されます。
getwd() #現在使用しているディレクトリの場所を確認
[1] "C:/Users/Documents"
dir.create("C:/Users/Documents/Newfolder") #ディレクトリ内に新たなフォルダを作成