Error: Installing countimp from Github
countimp countimp is one of the package of multiple imputation for count or compositional data. This pack… 続きを読む »Error: Installing countimp from Github
腸内細菌
countimpパッケージをgithubからインストールできなかった
カウントデータや組成データの多重代入に使えるパッケージの一つに、countimpがあります。 （カウントデータは、ゼロ過剰や過分散である場合が多く、正規分布からは著しく遠い分布になります。そして、このような分布… 続きを読む »countimpパッケージをgithubからインストールできなかった
Pseudocount（疑似カウント）
Pseudocountが、用いられる一つの例として。 腸内細菌のデータは個人差が大きく、ヒトによってある種や属は存在せず、しばしばその存在量または比率は０の値をとる。腸内細菌のデータが、正規分布とは程遠い分布だ… 続きを読む »Pseudocount（疑似カウント）
腸内細菌データの標準化(Normalization)についてメモ
腸内細菌の解析方法にあたって、まず収集した糞便などの各サンプルからDNAを抽出する。その後、PCRで16SrRNA遺伝子の一部を増幅する。生成されたPCR産物にインデックス配列（バーコード配列）やアダプター配列… 続きを読む »腸内細菌データの標準化(Normalization)についてメモ