miceを用いた欠損値の多重代入の基本的な流れ
miceを使って多重代入を行う際の基本的な流れについて。 サンプルデータ 使用するサンプルデータは、miceパッケージの「nhanes」です。含まれる変数はage, bmi, hyp, chlで、全て数値型です… 続きを読む »miceを用いた欠損値の多重代入の基本的な流れ
R
Error: Installing countimp from Github
countimp countimp is one of the package of multiple imputation for count or compositional data. This pack… 続きを読む »Error: Installing countimp from Github
countimpパッケージをgithubからインストールできなかった
カウントデータや組成データの多重代入に使えるパッケージの一つに、countimpがあります。 （カウントデータは、ゼロ過剰や過分散である場合が多く、正規分布からは著しく遠い分布になります。そして、このような分布… 続きを読む »countimpパッケージをgithubからインストールできなかった
lmer モデルのエラー”Some predictor variables are on very different scales: consider rescaling”
エラー内容 線形混合モデルを用いた解析を行っていたところ、以下のようなエラーが表示された。 直訳すると、「いくつかの予測変数は非常に異なるスケールである：再スケーリングを検討する」である。 対処方法 数値変数の… 続きを読む »lmer モデルのエラー”Some predictor variables are on very different scales: consider rescaling”
R:lmerTestを使ってp値を計算する
lmerTestパッケージに含まれる機能を使ってできることは、 p値の計算 分散分析表の作成 最小二乗平均の計算 ランダム効果または固定効果の選別（自動削除） など、いろいろとありますが、ここではp値の計算につ… 続きを読む »R:lmerTestを使ってp値を計算する
バイオリンプロットの作り方（ggplot2）
回帰モデルの残差の分布を確認することもできる。
as.factorが使えない：Error in as.factor(., ***) : unused argument (***)
データの型を変更したいときは、as.factor()が使える。 しかし、上記のコードだと、エラーがでて因子型に変更できなかった。 指定したオブジェクトが使用されていないことによるエラーのようだが、対処方法を調べ… 続きを読む »as.factorが使えない：Error in as.factor(., ***) : unused argument (***)
データの行列や配列の大きさを確認する：dim()
dim関数を使うと、データの行列や配列、データフレームの次元を確認することができる。
複数のデータ型を一度に変更する方法
必要なパッケージの読み込み データセットの読み込み データの概要：人の身体測定や食事記録のダミーデータ変数：ID：対象者ID、sex（性別）、age（年齢）、weight（体重）、height（身長）、BMI、… 続きを読む »複数のデータ型を一度に変更する方法
覚えておきたいRの関数やコードのメモ
gvlma() 線形モデルの仮定があっているか検証する plot() 診断プロットを出力する resid() 残差を確認する par(mfrow = c(2,2) 表を分割して表示する（２×２） dev.off… 続きを読む »覚えておきたいRの関数やコードのメモ